Der Name erinnert an den Anhalter Bahnhof, einst einer der wichtigsten Fernbahnhöfe Berlins.
Der Kopfbahnhof entstand vor dem Anhalter Tor als Endpunkt der 1841 eröffneten Berlin-Anhaltischen Eisenbahn, die Berlin mit Anhalt verband. Der Fernverkehr endete 1952, und trotz starker Proteste wurde das Gebäude 1959–1961 abgerissen. Ein Fragment des Portikus steht noch; der unterirdische S-Bahnhof trägt den Namen weiter.