Benannt nach der Karl-Bonhoeffer-Nervenklinik, einer nahen psychiatrischen Klinik, die von 1880 bis 2006 bestand.
Die Klinik begann als Irrenanstalt Dalldorf und erhielt später den Namen des Psychiaters Karl Bonhoeffer (1868–1948), der hier in seinen letzten Lebensjahren als Dirigierender Arzt wirkte; im Volksmund hieß sie „Bonnies Ranch“. Seine Söhne Dietrich und Klaus Bonhoeffer wurden im April 1945 vom NS-Regime ermordet. Der S-Bahnhof, früher Dalldorf und dann Wittenau, übernahm 1994 den Namen des U-Bahnhofs.