Benannt nach dem alten Dorf Mahlsdorf, zuerst als Malterstorp erwähnt.
Das Dorf wurde zuerst als Malterstorp urkundlich erwähnt; 1345 wurde es als Lehnsbesitz verkauft. Es lag an der alten Fernhandelsstraße von Berlin über Frankfurt (Oder) nach Posen. Der Bahnhof wurde am 1. September 1895 als Haltestelle „Malsdorf“ eröffnet.