Le nom de Marzahn vient d’un mot slave signifiant « marais ».
Marzahn est né d’un village fondé vers 1230 ; son vieux noyau est conservé et protégé comme monument depuis 1977. Le nom vient du slave « marcana » (« marais » en polabe), soit un habitat près d’un marécage. À partir de la seconde moitié des années 1970, un immense grand ensemble en préfabriqué a surgi autour du vieux village.