Nommée d'après la rue Saint-Paul et l'église Saint-Paul-Saint-Louis.
La rue tient son nom de l'ancienne église Saint-Paul-des-Champs, dédiée à saint Paul Ermite. La station a pour sous-titre Le Marais, quartier ainsi nommé parce qu'il fut bâti sur une ancienne zone marécageuse. Elle a ouvert en 1900.