Benannt nach Birkenwerder, einer 1355 erstmals erwähnten brandenburgischen Gemeinde.
Birkenwerder wurde 1355 erstmals namentlich erwähnt, doch schon im 12. Jahrhundert bestand ein slawischer Burgwall an der Briesemündung. 1877 erhielt der Ort seinen Bahnhof an der Nordbahn. Bis 1927 hieß die Station nur Birkenwerder, danach erhielt sie den Zusatz „(b Berlin)“ für „bei Berlin“.