Doit son nom à Birkenwerder, commune du Brandebourg mentionnée pour la première fois en 1355.
Birkenwerder est mentionné nommément pour la première fois en 1355, mais une fortification slave se dressait déjà à l’embouchure de la Briese au 12e siècle. Le village a obtenu sa gare sur la Nordbahn (chemin de fer du Nord) en 1877. Jusqu’en 1927, la gare s’appelait simplement Birkenwerder ; elle reçut ensuite le complément « (b Berlin) », pour « près de Berlin ».