Doit son nom à Hohen Neuendorf, rebaptisée pour la distinguer de Nieder Neuendorf.
Le village est mentionné pour la première fois en 1349 sous la forme Nygendorf. Il fut ensuite rebaptisé Hohen Neuendorf pour le distinguer du village de Neuendorf situé plus bas sur la Havel, aujourd’hui Nieder Neuendorf. La gare ouvrit en 1877, fut déplacée vers le sud en 1924 et porte la mention « b Berlin » (près de Berlin) depuis 1928.