Benannt nach der Stadt Erkner, deren Name von einem Gewässer stammt.
Das Gewässer, das die Stadt durchfließt, ist 1579 erstmals als Arckenow belegt. In dem Wort steckt „Arche“, eine Umflut, die zwei größere Gewässer verbindet – hier Flakensee und Dämeritzsee. Der Name ging auf beide Ufer über: Das Waldgebiet wurde zur Erknerschen Heide, die Fischersiedlung zu „Der Erkner“. Heute heißt das Gewässer Flakenfließ. Der Bahnhof wurde 1842 eröffnet.