Doit son nom à la ville d’Erkner, dont le nom vient d’un cours d’eau.
Le cours d’eau qui traverse la ville est mentionné pour la première fois en 1579 sous le nom d’Arckenow. Le mot contient « Arche », un chenal reliant deux plans d’eau plus grands – ici le Flakensee et le Dämeritzsee. Le nom passa aux deux rives : la forêt devint l’Erknersche Heide et le hameau de pêcheurs « Der Erkner ». Le ruisseau s’appelle aujourd’hui Flakenfließ. La gare ouvrit en 1842.