Doit son nom à la Freie Universität et à l’ancienne Thielplatz, qui honorait Hugo Thiel.
La station ouvrit en 1913 sous le nom de Thielplatz. Hugo Thiel (1839–1918), haut fonctionnaire du ministère prussien de l’Agriculture, présida la commission royale qui transforma le domaine de Dahlem en colonie de villas et en quartier scientifique. Le Thielpark voisin s’appelait Thielplatz jusque dans les années 1950. En décembre 2016, la station prit le nom de la Freie Universität Berlin, fondée en 1948, dont le campus se trouve à Dahlem.