Benannt nach Heiligensee, dem Dorf am gleichnamigen See.
Das alte Dorf liegt auf einer Halbinsel zwischen der Havel und dem namensgebenden Heiligensee. 1308 wurde es als Hyelegense erstmals erwähnt; im Landbuch Karls IV. von 1375 finden sich Schreibweisen wie Heyligense und Hilgensey. Der Bahnhof wurde 1897 für den Personenverkehr eröffnet und ist stadtauswärts der letzte auf Berliner Gebiet.