Doit son nom à Heiligensee, le village au bord du lac du même nom.
Le vieux village se trouve sur une presqu’île entre la Havel et le lac qui lui a donné son nom. Il est mentionné pour la première fois en 1308 sous la forme Hyelegense ; le registre foncier de Charles IV de 1375 donne des graphies comme Heyligense et Hilgensey. La gare ouvrit aux voyageurs en 1897 ; c’est la dernière de Berlin en sortant de la ville.