Benannt nach Johannisthal, das nach seinem Gründer Johann Wilhelm Werner heißt.
Johannisthal wurde aufgrund eines Erbzinsvertrags vom 16. November 1753 zwischen dem Kammerrat Johann Wilhelm Werner und dem preußischen Staat gegründet, im Zuge der inneren Kolonisation unter Friedrich II., und ist nach ihm benannt. Der Bahnhof diente lange dem S-Bahn-Werk als Schöneweide Betriebsbahnhof und wurde im Dezember 2020 in Berlin-Johannisthal umbenannt.