Doit son nom à Johannisthal, nommé d’après son fondateur Johann Wilhelm Werner.
Johannisthal fut fondé par un contrat du 16 novembre 1753 entre le conseiller de la Chambre (Kammerrat) Johann Wilhelm Werner et l’État prussien, lors de la colonisation intérieure sous Frédéric II, et porte son nom. La gare servit longtemps les ateliers de la S-Bahn sous le nom de Schöneweide Betriebsbahnhof ; elle fut rebaptisée Berlin-Johannisthal en décembre 2020.