Doit son nom à la Magdalenenstraße, une rue nommée d’après le prénom Magdalena.
Cette courte rue fut nommée vers 1900 d’après le prénom féminin Magdalena ou Magdalene. De 1950 à 1989, les bâtiments voisins de la station abritaient le siège du ministère de la Sécurité d’État de la RDA (Stasi). Depuis décembre 2025, le nom de la station porte le sous-titre « Campus für Demokratie », d’après le campus de la démocratie aménagé sur le site.