Benannt nach der Magdalenenstraße, die nach dem Vornamen Magdalena benannt ist.
Die kurze Straße wurde um 1900 nach dem weiblichen Vornamen Magdalena oder Magdalene benannt. Von 1950 bis 1989 war der Gebäudekomplex neben dem Bahnhof die Zentrale des Ministeriums für Staatssicherheit der DDR. Seit Dezember 2025 trägt der Bahnhofsname den Untertitel „Campus für Demokratie“, nach dem Campus, der heute auf dem Gelände entsteht.