Benannt nach der Möckernbrücke, die die Möckernstraße über den Landwehrkanal führt.
Der Bahnhof liegt unter und über den Ufern des Landwehrkanals, zwischen der Möckern- und der Großbeerenbrücke. Die 1898–1899 errichtete Brücke hat ihren Namen von der Möckernstraße. Diese wird meist auf Möckern bei Leipzig bezogen, wo General Ludwig Yorck von Wartenburg im Zuge der Völkerschlacht im Oktober 1813 die Truppen Napoleons besiegte; möglich ist auch ein Bezug auf das Gefecht bei Möckern nahe Magdeburg im April 1813.