Doit son nom à Wartenberg, vieux village dont les champs sont devenus une cité.
Wartenberg est probablement né vers 1230, fondé par des colons qui emportaient souvent avec eux les noms de lieux de leur pays d'origine ; il existe des villages du même nom dans l'Altmark. Il est mentionné pour la première fois en 1270, lorsqu'un Bernhardus de Wardenberge apparaît dans une charte. La gare, ouverte le 20 décembre 1985, dessert le nouveau quartier d'habitation bâti sur les anciens champs de Wartenberg, qui appartient à Neu-Hohenschönhausen.