Doit son nom à Hohenschönhausen, le Schönhausen « d’en haut ».
Le village fut fondé dans la première moitié du 13e siècle ; ses colons venaient probablement de Schönhausen, dans l’Altmark. Au 14e siècle, on ajouta « Hohen » (haut) pour le distinguer de Niederschönhausen, situé plus bas. La gare ouvrit en 1984 pour la nouvelle cité Hohenschönhausen II, aujourd’hui Neu-Hohenschönhausen.