Nommée d’après Clark Street ; la station porta d’abord le nom de Brooklyn Heights.
La station se trouve à l’angle de Clark Street et Henry Street, à Brooklyn Heights. Elle fut nommée Brooklyn Heights en 1917 et ouvrit avec le tunnel de Clark Street sous l’East River le 15 avril 1919. Ses murs portent encore de grands panneaux « Clark Street–Brooklyn Heights ».