Nommée d'après le cimetière de Cypress Hills, qui devrait lui-même son nom aux cyprès du secteur.
Le cimetière, à la limite nord du quartier, fut inauguré en 1848 ; c'est l'un des grands cimetières paysagers de la « Cemetery Belt ». Avant d'être intégré à la commune de New Lots, le secteur s'appelait Union Place, d'après l'hippodrome de l'Union Course, ouvert en 1821 à sa limite avec Woodhaven, dans le Queens.