Harlem porte le nom de la ville néerlandaise de Haarlem.
Harlem fut d’abord un village néerlandais, officiellement constitué en 1658 et nommé d’après Haarlem, aux Pays-Bas. La station, ouverte en 1968, devait s’appeler 149th Street–Seventh Avenue, mais pour éviter toute confusion avec 149th Street–Grand Concourse, elle devint 148th Street–Lenox Terminal, bien que son entrée se trouve à la 149th Street.