Nommée d’après New Lots Avenue, qui rappelle l’ancienne commune de New Lots.
Le secteur fit longtemps partie de la commune de Flatbush et s’appelait « the New Lots » (les nouveaux lots), pour le distinguer des « Old Lots » (les anciens lots) près du village de Flatbush. New Lots devint une commune distincte en 1852 et fut annexée à la ville de Brooklyn en 1886. La station elle-même s’appelait à l’origine New Lots Road.