Benannt nach der Bucht, die nach dem Fisch Sheepshead benannt ist.
Das Viertel ist nach einer Bucht benannt, die das Festland von Brooklyn vom östlichen Teil von Coney Island trennt. Die Bucht erhielt ihren Namen vom Sheepshead („Schafskopf“), einem essbaren Fisch in ihren Gewässern. Der Fisch verdankt seinen Namen wahrscheinlich schafsähnlichen Merkmalen, etwa großen Zähnen, die aus dem offenen Maul ragen. Sheepshead Bay war zunächst eine abgelegene Fischer- und Bauerngemeinde, ein Ausläufer der Stadt Gravesend.