Nommée d'après la famille Totten, propriétaires terriens du lieu.
Le capitaine Christopher Billop (1638-1726), l'un des premiers colons, appela l'endroit Bentley Manor, d'après son navire, le Bentley. En 1869, il fut rebaptisé Tottenville, apparemment en l'honneur de John Totten et de l'éminente famille locale Totten, qui avait possédé beaucoup de terres ici au XVIIIe siècle. Plusieurs Totten furent loyalistes pendant la Révolution américaine.