Nommée d'après la rue du Jourdain, qui mène à l'église Saint-Jean-Baptiste de Belleville.
Les paroisses qui se sont succédé à cet emplacement, jusqu'à l'église néogothique actuelle construite entre 1854 et 1859, étaient toutes dédiées à saint Jean-Baptiste, qui baptisa le Christ dans le Jourdain. La rue fut ouverte par un décret du 28 juillet 1862 et prit son nom par un arrêté du 26 février 1867.