Nommée d'après le lieu-dit des Agnettes, où elle se trouve.
La station se trouve à la limite d'Asnières-sur-Seine et de Gennevilliers, et son sous-titre nomme les deux villes. Les Agnettes est aussi un quartier de Gennevilliers, qui a donné son nom à l'église Notre-Dame-des-Agnettes ; une autre source renvoie plutôt à la rue des Agnettes voisine. Nous n'avons pas encore trouvé ce que signifie le nom Agnettes.