Nommée d'après les Halles, le marché central de Paris pendant des siècles.
À son ouverture en 1908, la station se trouvait entre les pavillons du marché. Le marché a été transféré à Rungis en 1969, et le quartier a été reconstruit avec le Forum des Halles. La station actuelle a ouvert en 1977, sur un nouveau tunnel.