Nommée d'après le pont Marie, qui doit son nom à l'ingénieur Christophe Marie.
Marie commença le pont en 1614, dans le cadre d'un projet de lotissement de l'île Saint-Louis. La station a ouvert en 1926 ; son sous-titre, Cité des Arts, vient de la résidence internationale d'artistes voisine, ouverte en 1965.