Nommée d'après le boulevard Saint-Marcel, qui traverse l'ancien faubourg Saint-Marcel.
Le faubourg, appelé aussi Saint-Marceau, doit son nom au tombeau de Marcel, évêque de Paris mort en 435 ou 436, ou à la collégiale Saint-Marcel, réputée l'avoir accueilli ; elle se dressait à l'angle actuel du boulevard et de l'avenue des Gobelins jusqu'en 1806. Un décret du 17 octobre 1857 approuva la création d'un boulevard dit de Saint-Marcel.