Nommée d'après la gare d'Austerlitz, d'après le quartier d'Austerlitz et la victoire de Napoléon.
La station a ouvert en 1906 sous le nom de Gare d'Orléans, car la gare était alors la tête de ligne de la compagnie Paris-Orléans. Elle est devenue Gare d'Orléans - Austerlitz en 1930, puis Gare d'Austerlitz le 25 avril 1985. La bataille d'Austerlitz eut lieu en 1805.