Benannt nach dem Margaretengürtel, dem nach Margareten benannten Gürtelabschnitt.
Dieser Abschnitt des Gürtels wurde 1881 nach der Vorstadt Margareten benannt. Margareten verdankt seinen Namen einer 1388–1395 im örtlichen Herrschaftssitz gestifteten Kapelle der heiligen Margareta von Antiochia – und nicht, wie ältere Literatur behauptet, Margarete Maultasch. Die Station hieß zunächst „Margarethengürtel“; das „h“ entfiel nach der Orthographischen Konferenz von 1901.