Doit son nom à la Bernauer Straße, qui honore la ville de Bernau.
La rue reçut le nom de Bernau en 1862. Après la Seconde Guerre mondiale, la station se trouvait juste au sud de la limite entre les secteurs soviétique et français. À la construction du Mur, le 13 août 1961, elle fut fermée et devint une « station fantôme » que les trains de Berlin-Ouest traversaient sans s’arrêter. Elle a rouvert en 1990 ; la rue abrite aujourd’hui le Mémorial du Mur de Berlin.