Benannt nach dem BER, dem Flughafen Berlin Brandenburg „Willy Brandt“.
BER ist der IATA-Code des Flughafens; das Kürzel diente zuvor schon als Code für die Berliner Flughäfen insgesamt. Bei der Eröffnung des Flughafens 2020 blieb das alte Schönefelder Terminal als „Terminal 5“ in Betrieb, daher hieß dieser Bahnhof Flughafen BER Terminal 1-2. Nach der Schließung jenes Terminals 2021 wurde er im Dezember 2023 in Flughafen BER umbenannt.