Doit son nom au BER, l’aéroport Berlin Brandebourg « Willy Brandt ».
BER est le code IATA de l’aéroport ; il désignait déjà auparavant l’ensemble des aéroports berlinois. À l’ouverture de l’aéroport en 2020, l’ancien terminal de Schönefeld resta en service comme « Terminal 5 » ; cette gare s’appelait donc Flughafen BER Terminal 1-2. Après la fermeture de ce terminal en 2021, elle fut rebaptisée simplement Flughafen BER en décembre 2023.