Der Name erinnert an das Frankfurter Tor, ein altes Stadttor – das allerdings woanders stand.
Das eigentliche Frankfurter Tor der Akzisemauer stand etwa 800 Meter weiter westlich und wurde ab 1867 abgerissen. Die Kreuzung hier erhielt 1957 den Namen Frankfurter Tor nach ihren beiden Türmen von Hermann Henselmann, die wie ein Stadttor wirken sollen. Der Bahnhof, 1930 als Petersburger Straße eröffnet, hieß ab 1946 Bersarinstraße und ab 1957 Frankfurter Tor; nach weiteren Umbenennungen 1991 und 1996 trägt er diesen Namen seit 1998 wieder.