Le nom rappelle la Frankfurter Tor, une ancienne porte de la ville – mais pas à cet endroit.
La véritable Frankfurter Tor du mur d’octroi se trouvait environ 800 mètres plus à l’ouest et fut démolie à partir de 1867. Le carrefour d’ici reçut le nom de Frankfurter Tor en 1957, d’après ses deux tours dessinées par Hermann Henselmann, censées évoquer une porte de ville. La station, ouverte en 1930 sous le nom de Petersburger Straße, fut rebaptisée Bersarinstraße en 1946 et Frankfurter Tor en 1957 ; après de nouveaux changements de nom en 1991 et 1996, elle le porte de nouveau depuis 1998.