Der Name Hauptbahnhof ersetzte den traditionellen Namen Lehrter Bahnhof.
Der neue Bahnhof steht dort, wo sich der Lehrter Bahnhof, Endpunkt der 1871 eröffneten Strecke nach Lehrte, und später der Lehrter Stadtbahnhof befanden. Bei einer Befragung 2002 stimmten 70 Prozent der 7860 Teilnehmenden für den Namen Lehrter Bahnhof, doch Deutsche Bahn und Senat entschieden sich für den Doppelnamen Berlin Hauptbahnhof – Lehrter Bahnhof. Seit der Eröffnung 2006 heißt er nur noch Berlin Hauptbahnhof.