« Hauptbahnhof » signifie gare centrale ; ce nom a remplacé le traditionnel Lehrter Bahnhof.
La nouvelle gare se dresse là où se trouvaient le Lehrter Bahnhof, terminus de la ligne de Lehrte ouverte en 1871, puis le Lehrter Stadtbahnhof. Lors d’une consultation en 2002, une majorité de 70 pour cent des 7 860 votants voulaient garder le nom de Lehrter Bahnhof, mais la Deutsche Bahn et le gouvernement berlinois choisirent le double nom Berlin Hauptbahnhof – Lehrter Bahnhof. Depuis l’inauguration en 2006, elle s’appelle simplement Berlin Hauptbahnhof.