Benannt nach der Heinrich-Heine-Straße, die an den Dichter Heinrich Heine erinnert.
Der Bahnhof wurde 1928 als Neanderstraße eröffnet, nach einer Straße, die zuerst auf dem Grundstück des Fabrikanten George Christian Neander (1784–1854) angelegt worden war. 1960 benannte Ost-Berlin die Straße nach dem Dichter Heinrich Heine (1797–1856), der Bahnhof folgte. Von 1961 bis 1990 war er ein geschlossener „Geisterbahnhof“, den die West-Berliner Züge ohne Halt durchfuhren.