Benannt nach der Prenzlauer Allee, der alten Straße nach Prenzlau in der Uckermark.
Die Straße wurde schon früh als Fernhandelsweg nach Prenzlau genutzt. Bis etwa 1824 hieß sie Heinersdorfer Weg, nach dem ersten Ort außerhalb Berlins; dann wurde sie zur Prenzlauer Chaussee und ab 1878 zur Allee. Der Name Prenzlau ist slawischen Ursprungs und bedeutet „Siedlung eines Mannes namens Premyslaw“.