Nommée d'après la Prenzlauer Allee, l'ancienne route de Prenzlau, dans l'Uckermark.
La route servit très tôt de voie commerciale vers Prenzlau. Jusque vers 1824, elle s'appelait Heinersdorfer Weg, d'après le premier village hors de Berlin ; elle devint ensuite la Prenzlauer Chaussee, puis une Allee (avenue) à partir de 1878. Le nom de Prenzlau est d'origine slave et signifie « établissement d'un homme nommé Premyslaw ».