Benannt nach dem Westhafen, dem Binnenhafen neben dem Bahnhof.
Der Bau des Westhafens in Moabit begann 1914, ein erster Teil wurde am 3. September 1923 eingeweiht; zeitweilig war er der zweitgrößte Binnenhafen Deutschlands. Beide Bahnhöfe hießen zunächst Putlitzstraße. Der U-Bahnhof wurde 1992 in Westhafen umbenannt, und der neu errichtete S-Bahnhof wurde am 19. Dezember 1999 unter diesem Namen wiedereröffnet.