Doit son nom au Westhafen, le port fluvial voisin de la gare.
La construction du Westhafen (« port de l'ouest ») à Moabit commença en 1914, et une première partie fut inaugurée le 3 septembre 1923 ; il fut un temps le deuxième port fluvial d'Allemagne. Les deux gares s'appelaient d'abord Putlitzstraße. La station de U-Bahn devint Westhafen en 1992, et la gare de S-Bahn reconstruite rouvrit sous ce nom le 19 décembre 1999.