Doit son nom à Zeuthen, un vieux village de pêcheurs au bord de la Dahme.
Zeuthen est mentionné pour la première fois en 1375 sous les noms de Czyten ou Czuten, petit village de 14 maisons de pêcheurs. La gare ouvrit le 24 mai 1868 dans le village voisin de Miersdorf sous le nom de Hankels Ablage Bude 21, d'après un dépôt de bois au bord de la Dahme qui apparaît dans le roman de Theodor Fontane Irrungen, Wirrungen. Elle devint Hankels Ablage Zeuthen en 1892, puis simplement Zeuthen lorsqu'une nouvelle gare ouvrit le 1er novembre 1897.