Benannt nach Zeuthen, einem alten Fischerdorf an der Dahme.
Zeuthen wurde 1375 als Czyten bzw. Czuten erstmals erwähnt, ein Dörfchen mit 14 Fischerhäusern. Die Station wurde am 24. Mai 1868 im benachbarten Miersdorf als Hankels Ablage Bude 21 eröffnet, nach einem Holzlagerplatz an der Dahme, der in Theodor Fontanes Roman Irrungen, Wirrungen vorkommt. 1892 hieß sie Hankels Ablage Zeuthen, und der am 1. November 1897 eröffnete neue Bahnhof erhielt den Namen Zeuthen.