Benannt nach dem London City Airport, dem Londoner Flughafen, der der City am nächsten liegt.
Der Flughafen wurde 1981 von Reg Ward von der London Docklands Development Corporation vorgeschlagen; im November legten Mowlem und Brymon Airways ein „Docklands STOLport city centre gateway“ vor, einen Flughafen für Kurzstart und -landung. Er wurde 1987 zwischen dem Royal Albert Dock und dem King George V Dock eröffnet. Die 2005 eröffnete DLR-Station übernahm einfach den Namen des Flughafens.