Nommée d'après le London City Airport, l'aéroport de Londres le plus proche de la City.
L'aéroport fut proposé pour la première fois en 1981 par Reg Ward, de la London Docklands Development Corporation ; en novembre, Mowlem et Brymon Airways présentèrent un « Docklands STOLport city centre gateway », un aéroport pour avions à décollage et atterrissage courts. Il a ouvert en 1987 entre le Royal Albert Dock et le King George V Dock. La station du DLR, ouverte en 2005, a simplement repris le nom de l'aéroport.