Bay Ridge hieß einst Yellow Hook und wurde 1853 umbenannt.
Bay Ridge hieß früher Yellow Hook, ein Dorf, benannt nach der Farbe seines Bodens; im Dezember 1853 wurde es umbenannt, um Verbindungen mit dem Gelbfieber zu vermeiden, und der neue Name nach der örtlichen Geografie gewählt. Die Station hieß ursprünglich 95th Street–Fort Hamilton und liegt tatsächlich in Fort Hamilton. Der dortige Armeestützpunkt hieß schon 1826 Fort Hamilton, wurde aber erst im 20. Jahrhundert offiziell nach Alexander Hamilton benannt.